日本的医疗卫生系统推行的是健康保险方式和国民健康保险方式。它们有着完整的行政管理系统、监督控制机构和专门业务执行机构。二者所依据的法令不同， 财政来源不同，导致运行的结果也不同。现行的保险制度有：健康保险协会、政管健康保险、国民健康保险、共同救济基金以及70岁以上的老年保健，虽然机构较多，但上自总理府，下至各个具体的健康保险事业所，有管理和监督机构参与，咨询、协调机关从中协作，有明确的法律条文，及各个部门职、权、责的明确划分， 使日本复杂多支的健康保险系统有条不紊地正常发展。作为健康保险的医疗机关有：都道府县知事指定的医院，诊所药局；特定的保险人掌管的为被保险人办的医院、诊所和药局；健康保险社团开设的医院、诊所和药局，这些被指定的医疗单位和药局的有效期为3年。而国民健康保险方式的医疗机关是疗养经办机关。 保险机构做为经三方，为投保人及卫生服务机构支付医疗保险费用。不论健康保险方式或国民健康保险方式的医疗保险机关都是准公的或私人掌管的。开业医生有关医务人员都要经过严格注册。医疗保险一般不承担预防保健工作，由政府直接管理。
健康保险基金来自于保险费和国家财政补助，二者构成健康保险的财源。不同体制的保险组织，财源亦有区别：
（1）政府管理的健康保险：以中小企业为保险对象， 保费支付标准多以报酬月额比例交纳，个人与雇主、政府三方共同承担费用、共同获益，是比较合理的财政负担形式。
（2） 健康保险社团：以大企为对象。企业、国家、个人三方出资。企业拿大头，雇员拿中头、国家拿小头。依靠雇主和雇员缴纳的保险费及少量的财政补贴作为财政来源。
政府管理的健康保险，三方负担的比例常常以法律的形式固定下来，不易改变，而社团组织则比较灵活，自己可以随时改变，并通过企业内部有效地控制基金费用。
（3）国民保健保险：以低收入阶层、农民、一般居民为对象。 实际上是一种依赖国家财政的救济福利式保险。保险基金由投保人交纳的保费和政府少量的补贴构成，财源力量很薄弱。
总之，日本的健康保险从框架上仍然属于传统的健康保险机制，但由于法律健全，管理监督系统严密，从而使日本的健康保险制沿着自己的轨道正常运行。且较西方单一的健康保险模式更为精细的保险制度。
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